Возвращаясь на Землю с линии фронта межзвездной войны, капитан Харлок обнаруживает, что его дом уже не тот, что он когда-то знал. Империя Иллюмидов, инопланетяне из другого мира, оккупировали планету и угнетали ее народ. Единственная надежда, которая остается для угнетенных землян - это одинокий голос, известный большинству только как "Роза", но гораздо более близко известный Харлоку, как его бывшей возлюбленной, Майей. В то время как Майя призывает своих соотечественников держаться за веру в лучшее завтрашнее, Харлок не может ждать такого дня. Случайно он встречает человека по имени Точиро Ояма, который, несмотря на то, что никогда раньше не встречался, Харлок чувствует себя как брат. Вместе с голосом Майи и других людей, разделяющих их веру, Харлок и Точиро стремятся избавиться от оков Иллюмидов.