Фудзимия Момидзи - потомок клана Кушинада, чьи женщины обладают властью победить Арагами, чуждую расу, подобную расе растений, жертвой. После столетий сна арагами пробудились и вторгаются в Токио на пути к завоеванию мира.
На их пути оказалась неудачница Момиджи, зараженная одним из Голубых Семян - бусинками магатамы, которые являются сердцем и душой Арагами, ПВР, правительственная организация, единственная миссия которой - остановить Арагами, и Кусанаги Мамору, молодой человек, залитый кровью Арагами, который клянется отомстить за тех, кто отнял его семью.
Как и герои прошлого, эта тряпичная банда неудачников должна работать вместе, чтобы победить старую угрозу из прошлого, и она гораздо ближе к дому.