Юми и Рю - это дети, которые были выбраны для участия в сверхсекретной миссии, чтобы стать пилотами первых боевых отрядов Фафнера; это последний шанс выжить для человеческой расы. Враг безжалостен, безжалостен и способен читать мысли людей. Поэтому детали этой миссии держатся в секрете даже от задействованного персонала. Молодые пилоты должны использовать все свое мужество и веру, чтобы выжить и выполнить свою миссию, иначе судьба человечества будет поставлена под угрозу.